Visual novel AIR được chia thành ba phần là Dream, Summer và Air, mỗi phần thể hiện các giai đoạn khác nhau của cốt truyện[3]. Phần Summer chỉ có thể truy cập sau khi người chơi đã hoàn thành tốt đủ ba kết thúc của phần Dream, trong khi phần Air chỉ yêu cầu người chơi hoàn thành xong phần Summer. Trong câu chuyện ở phần Dream, người chơi sẽ vào vai Yukito và lần lượt gặp gỡ ba nhân vật nữ chính là Kamio Misuzu, Kirishima Kano, và Tohno Minagi. Theo mạch trò chơi, người chơi có thể tương tác với các nhân vật nữ chính cùng những nhân vật phụ khác, cũng như tìm hiểu sâu hơn về nội tâm của từng người, tất cả tùy thuộc vào việc lựa chọn các hướng diễn tiến khác nhau[3]. Phần Summer đi theo hướng tuyến tính hoàn toàn và không có bất cứ sự lựa chọn nào cho người chơi, câu chuyện được thuật lại bởi nhân vật Ryūya[7]. Phần Air với nhân vật chính là Misuzu cũng là đoạn kết của visual novel[3]. Trong phần này người chơi sẽ vào vai của Sora, một con quạ được Misuzu kết bạn và mang về nhà.

AIR chỉ đòi hỏi người chơi tương tác ở một vài đoạn, phần lớn thời gian còn lại là đọc những dòng chữ xuất hiện trên màn hình, thường mô tả đoạn đối thoại giữa các nhân vật hoặc suy nghĩ nội tâm của nhân vật mà người chơi đóng vai. Sau khi nắm bắt được tình huống thông qua những dòng chữ, người chơi sẽ nhìn thấy một "điểm quyết định" và có nhiều sự lựa chọn được đưa ra[3]. Các "điểm quyết định" này thường thay đổi và xuất hiện không đều đặn, có thể cách nhau ít phút hoặc lâu hơn. Trò chơi sẽ tự động tạm dừng khi người chơi nhìn thấy những điểm này, chờ cho đến khi người chơi đưa ra quyết định, sau đó cốt truyện sẽ tiến triển theo một hướng nhất định[3]. Trong phiên bản console, nếu người chơi cảm thấy bị nhầm lẫn, họ có thể quay ngược lại trước đó và sửa sai. Tuy nhiên, nếu người chơi gây ra một kết thúc không tốt, họ không có chức năng tùy chọn này và sẽ phải chơi lại trò chơi ở lần lưu gần nhất.

Có ba kịch bản chính để người chơi trải nghiệm, mỗi kịch bản xoay quanh câu chuyện của ba nhân vật nữ chính. Người chơi sẽ phải chơi lại nhiều lần, mỗi lần lại chọn những hướng khác nhau để đạt được những kết thúc tương ứng, từ đó mới nắm bắt được nội dung của toàn bộ visual novel[3]. Mặc dù có nhiều đoạn kết, những câu chuyện riêng lẻ đều có liên quan và hỗ trợ nhằm dẫn đến cốt truyện chính (liên quan đến Misuzu) và hướng tới một kết thúc hoàn hảo nhất. Một trong những mục đích của phiên bản đầu tiên của AIR là cho phép người chơi nhìn thấy những cảnh người lớn, như việc nhân vật Yukito và một trong ba nhân vật nữ chính cùng quan hệ tình dục[4]. Sau này, Key phát hành một ấn bản khác không hề chứa cảnh khiêu dâm và dành cho mọi lứa tuổi[4].